Pendant longtemps, une confusion – selon laquelle Usui aurait été de formation chrétienne – a été de mise dans le domaine religieux. Cette confusion aurait été volontairement introduite dans sa diffusion en Occident, afin que le Reiki soit mieux accepté dans la culture judéo-chrétienne.

Certains auteurs ont démontré le rôle du bouddhisme ésotérique dans les fondements du Reiki et de ses quatre symboles fondamentaux (Le Grand livre des symboles Reiki, Marc Hosak et Walter Lübeck, 2005). D’un point de vue spirituel, les auteurs de livres montrent le lien entre le Reiki et les différents bouddhas ou maîtres accomplis liés au bouddhisme.

Nous savons aujourd’hui que les principaux fondements spirituels proviennent de sa propre lignée Samouraï « hatamoto » (garde des seigneurs appelés shoguns), des arts martiaux très anciens que pratiquait Usui (aikijutsu et yagyu ryû : art permettant de redonner la vie) et de se former aux influences spirituelles du Japon et de l’Asie : bouddhisme dans sa version japonaise Shingon (école Tendaï), influences chinoises et tibétaines, taoïsme et shintoïsme (forme de chamanisme japonais).

L’influence du bouddhisme reste en effet dominante dans le Reiki, car Usui était prêtre séculier Tendaï.

Les enseignements spirituels d’Usui ont été réaménagés dans « Usui Dô » (la voie d’Usui). Il fallait 20 ans de travail au départ pour acquérir la maîtrise de la guérison énergétique. Ce temps a été considérablement réduit au cours de la diffusion du Reiki en Occident pour passer à 3 ou 4 ans de pratique en moyenne, voire moins dans certains cas. Le but des enseignements d’Usui était de donner aux élèves une méthode pour atteindre l’illumination, indépendamment de toute croyance religieuse.